原因一，性生活太過頻繁了，性生活頻繁最容易引起我們女性一些婦科疾病了，一些劇烈的機械性運動會引起陰道的張裂，頻繁的性生活甚至會導致陰道破損，久而久之，陰道就會有感染，處理不好就容易引起一些婦科疾病，包括巧克力囊腫。
原因二，壓力過大也是引起巧克力囊腫的一個重大的原因，長時間精神壓力太大，自己太壓抑了，這樣就會導致植物的神經功能紊亂，我們身體的內分泌也會失調，我們的卵巢功能就會過早的衰竭，雌激素也會分泌的越來越少，更年期也容易提前到來的。
原因三，生孩子次數太多，或者流產次數太多，也容易引起巧克力囊腫，因為流產子宮里面的內膜碎片就不能很好的從陰道排出，有一些還會經過輸卵管向盆腔倒流，這樣陰道就會閉鎖，子宮頸口也會變小，月經期也會很紊亂，這樣就會引起巧克力囊腫。
原因四，女性的生理期也有一定的原因，正常的情況下，隨著每個月經期的到來，子宮內膜剝落之后又會自己增厚生長，但是在生理期的時候，一部分的內膜并不會離開，這樣就會導致卵巢的位置的內膜不斷增厚，久而久之就會形成巧克力囊腫。