性病大多數具有一定的潛伏期，這也給治療增添了不小的困難。尖銳濕疣的潛伏期少則一兩個月，多則一年，甚至更長，這是根據自身身體抵抗力等有關的。
尖銳濕疣患者感染病毒后，尖銳濕疣損害出現還需要一段時間，這段時間稱為尖銳濕疣潛伏期。
尖銳濕疣潛伏期的長短因人而異，有些人的潛伏期短，有些人的潛伏期則較長。據調查尖銳濕疣的潛伏期為3周到8個月，平均2.8個月。大多數臨床觀察報道尖銳濕疣潛伏期一般為3個月左右，潛伏期最短者3-4周，潛伏期最長者8-12個月左右。
有的患者，半年前有不潔性交，出現尖銳濕疣后，十分困惑，當醫生詢問病史時，往往否認，其實，病毒在局部潛伏可達8個月之久而不發病，當人體的抵抗力下降時，病毒大量繁殖，即可發病。雖然這些患者未發病，病毒潛伏于人體，它也有傳染性，同樣是傳染源。
經過潛伏期逐漸轉為亞臨床及臨床癥狀，專家舉了一個形象的比喻：如果把尖銳濕疣比作一座冰山，亞臨床就好像山座，而表面觀察到的臨床癥狀就好比山尖，如果僅僅去除表面臨床疣體，皮下的疣體細胞仍然會不斷的復制滋生，最終再次表現為臨床癥狀，因此治療亞臨床才是關鍵。
“病毒干擾療法”是目前有效治療泌尿感染的優秀技術。該技術可主動阻斷病毒的整合程序，防止病毒的繁殖復制，在短期內將人體內的免疫復合毒素全部清除，同時讓健康的細胞不再受到感染。這些技術是目前國際上治療泌尿生殖感染療效較佳復發率極低的治療方法，目前已成功治愈數萬名患者。