市衛生局設5個職能科(室)：

　　(一)辦公室

　　負責綜合協調、會議組織、文電收發處理、信息收集、文書檔案整理歸檔、保密、安全保衛、社會治安綜合管理和群眾來信、來訪、接待等工作;制訂局機關各項工作制度，協調和督辦各科室的服務工作;負責局機關和直屬單位的機構編制，人事調配、考核、使用、勞動工資、衛生專業技術職務資格評審等工作。負責編制全市衛生事業發展總體規劃、目標、中長期規劃和年度計劃并組織實施;擬訂全市衛生財務管理制度及各項財務管理辦法，對全市衛生財務工作進行服務指導;協助價格主管部門制訂衛生服務收費標準，研究提出衛生服務價格建議，負責宏觀指導和監督管理全市醫療衛生服務價格收費標準;根據衛生發展規劃和政策，協調有關部門爭取落實衛生事業發展的有關物質條件;對全市各級各類衛生機構實行綜合效益評價;對局機關財務、基建、資產等進行管理;對局屬衛生單位的計劃、財務、基建、國有資產等進行監督管理;負責轄區大型醫療設備規劃的報批，指導監督衛生專項經費和醫療設備經費的使用，組織指導本系統內部審計服務，協調全市衛生信息網絡系統建設和負責衛生統計工作。

　　(二)醫政科

　　制訂全市醫療服務的發展規劃和醫療機構管理方案，并實施監督管理;負責制訂全市城鄉各級各類醫療、療養、康復、保健的規劃與辦法，并負責協調、組織實施，指導和評估;負責醫療急救網的建設和管理，協助下級政府和有關部門對重大災害事故和重大人員傷亡事故實施緊急救護;負責全市輸血工作管理;負責全市醫療事故鑒定的組織、調查工作和醫師、護士執業注冊管理;負責中等醫學教育、成人衛生教育、繼續醫學教育以及社會力量辦醫學類學校進行監督管理和服務指導;負責中醫管理工作;負責城鄉個體行醫、社會辦醫和醫療廣告的管理。

　　(三)防保科

　　負責貫徹執行國家勞動、食品、學校、環境、放射衛生及化妝保健品衛生等法律、法規、規章和衛生標準及防治規劃，并監督實施;貫徹執行國家傳染病防治法律、法規，制訂全市鼠疫、霍亂、傷寒、痢疾、乙腦、流腦、麻風病、性病、結核病等傳染病、地方病、寄生蟲病以及其他嚴重危害人體健康疾病的防治規劃和預案，并指導實施和進行監督檢查。認真組織落實計劃免疫工作，進一步鞏固計免成果。遇有重大疫情和自然災害，組織全市衛生技術力量，協助下級政府和有關部門控制疾病的發生、蔓延;對全市衛生監督監測機構、疾病控制機構和其他專業防病機構進行服務指導;協調有關部門做好衛生宣傳與健康教育，普及衛生知識，組織協調有關部門和各級政府做好防治工作和監督指導工作;負責貫徹母嬰保健法律、法規，制訂全市婦幼衛生、優生優育工作的發展規劃和目標，并組織實施;負責全市各級婦幼保健機構的建設和目標管理;負責有關技術服務的質量監督和服務指導，組織防治危害婦女、兒童健康的常見病、多發病;開展婦幼衛生健康教育工作。

　　(四)衛生法規和監督科

　　根據國家有關規定履行衛生綜合執法職能;負責本級衛生行政復議和行政應訴工作。負責衛生行政處罰的審查、聽政和決定;負責衛生行政賠償的審核;負責對衛生執法、衛生執法機構、衛生執法人員的監督和管理;組織協調全市衛生系統普法及依法治理工作。

　　(五)市愛國衛生運動委員會辦公室

　　貫徹落實國家愛國衛生運動委員會頒發的法規、規章;統籌協調落實市各委員部門分擔的工作任務;組織開展城鄉社會性公共衛生管理、監督、檢查、評比活動;負責協調開展健康教育工作、普及衛生科學知識;協調社會各有關部門和群眾參與愛國衛生運動。組織指導農村改水、改廁工作。做好除“四害”藥械的供銷和監督管理工作。