大連市中醫醫院有國家中管局“十一五”重點專科2個，遼寧省中醫重點專科2個，大連市重點專科1個。國家中管局“十一五”重點專科腦病科：住院床位93張，一個康復治療室，一個針灸門診，一個專家門診，兩個神經內科門診。運用針灸、中藥、康復以及中西醫結合等方法，治療中風、面癱、頭痛、眩暈、癲癇、帕金森等多種疾病。尤其是在臨床實踐中，獨創的“頭、手、足”三聯運動針法已被國家中管局定為適宜技術在國內推廣。

　　國家中管局“十一五”重點專科心病科：住院床位90張，其中CCU 6張。采用中醫、中西醫結合方法治療心系疾病，研制出一系列的中醫方藥和中西醫結合診療方案，治療心痛( 心絞痛、心梗)、心衰病、心悸(病態竇房結綜合征)、眩暈(高血壓)、郁證(心臟神經官能癥)等， 多次參加國際科研協作和國家“十五”科技協作項目。

　　遼寧省中醫重點專科皮膚科：住院床位25張，日均門診量百余人。中醫藥治療丹毒、痤瘡、黃褐斑、扁平疣、白癜風、斑禿、癢疹、各種感染性、過敏性皮膚病及中西醫結合治療紅斑狼瘡、大皰病、血管炎、硬皮病等自身免疫性皮膚病和性傳播疾病上有優勢，總結出一套中醫、中西醫結合治療的成功經驗，療效居省內優秀水平。

　　遼寧省中醫重點專科腫瘤科：床位35張，在肺癌、肝癌、胃癌、腸癌、乳腺癌、胰腺癌、膽管癌、腎癌、膀胱癌、淋巴瘤等多種惡性腫瘤方面屬于國內多個學會的委員級單位，是省內2個中醫腫瘤專科之一。