(1)全身性感染疾病。有些尿路感染的局部癥狀不明顯而全身急性感染癥狀叫突出，易誤診為流行性感冒、瘧疾、敗血癥、傷寒等發(fā)熱性疾病。如能詳細(xì)詢問病史，注意尿路感染的下尿路癥狀及腎區(qū)叩痛，并作尿沉渣和細(xì)菌學(xué)檢查，不難鑒別。

　　(2)慢性腎盂腎炎。需與反復(fù)發(fā)作尿路感染作鑒別診斷，目前認(rèn)為影像學(xué)檢查發(fā)現(xiàn)有局灶性粗糙的腎皮質(zhì)瘢痕，伴有相應(yīng)的腎盞變形者，才能診斷為慢性腎盂腎炎，否則尿路感染病史雖長，亦不能診斷為本病。本病常有一般慢性間質(zhì)性腎炎表現(xiàn)，并有間歇的尿路感染發(fā)作病史，在尿路無復(fù)雜情況時極少發(fā)生慢性腎盂腎炎，尿路有功能性或器質(zhì)性梗阻時才會發(fā)生。尿路功能性梗阻常見于膀胱-輸尿管反流，而器質(zhì)性者多見于腎結(jié)石等。

　　(3)腎結(jié)核。本病尿頻、尿急、尿痛更突出，一般抗菌藥物治療無效，晨尿培養(yǎng)結(jié)核桿菌陽性，尿沉渣可找到抗酸桿菌，而普通細(xì)菌培養(yǎng)為陰性。結(jié)核菌素試驗陽性，血清結(jié)核菌抗體測定陽性。靜脈腎盂造影可發(fā)現(xiàn)腎結(jié)核病灶X線征，部分患者可有肺、附睪等腎外結(jié)核，可資鑒別。但要注意腎結(jié)核常可與尿路感染并存。尿路感染經(jīng)抗菌藥物治療后，仍殘留有尿路感染癥狀或尿沉渣異常者，應(yīng)高度注意腎結(jié)核的可能性。

　　(4)尿道綜合征。患者雖有尿頻、尿急、尿痛，但多次檢查均無真性細(xì)菌尿，可資鑒別。尿道綜合征分為：①感染性尿道綜合征：占約75%，患者有白細(xì)胞尿，是由致病的微生物引起，如衣原體、支原體感染等。②非感染性尿道綜合征：約占25%，無白細(xì)胞尿，病原體檢查亦陰性，其病因未明，有人認(rèn)為可能是焦慮性精神狀態(tài)所致。