1.流膿是肛瘺的主要癥狀，膿液多少與瘺管長短，多少有關，新生瘺管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性愈合，瘺管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以后封閉的瘺口破潰，癥狀方始消失。

　　肛瘺外口流出少量膿性、血性、粘液性分泌物為主要癥狀。較大的高位肛瘺，因瘺管位于括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。

　　2.疼痛瘺管通暢無炎癥時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘺管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘺時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。

　　3.瘙癢由于膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮濕不適，皮膚變色、表皮 脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成濕疹。

　　4.排便不暢復雜性肛瘺口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。

　　5.全身癥狀在急性炎癥期和復雜性肛瘺反復發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗癥狀。

　　大部分肛瘺由直腸肛管周圍膿腫引起，因此內口多在齒狀線上肛竇處，膿腫自行破潰或切開引流處形成外口，位于肛周皮膚上。