1.內分泌失調
胚胎著床及繼續發育依賴于復雜的內分泌系統彼此協調，任何一個環節失常，都可致流產，其中最常見的是黃體功能不良，黃體功能不全可造成子宮內膜發育遲緩和黃體期短，從而影響受精卵的種植，或早期妊娠流產。
從中醫上來說，內分泌失調是陰虛的表現，是由氣血淤滯所造成。淤血滯留體內、脈絡受阻、外毒入侵人體、產后惡露不下等都可能會引致氣血淤滯。很多女性常見病，其實都是由于內分泌失調所引起。因此，治療這些病癥，要從調節內分泌入手，令氣血通暢，使精血滋養全身，促進血液循環，由內而外的全面調理。根據中醫的辨證施治原則，對功能亢進者應多注意養陰治療，而對于功能減退者往往表現有氣血兩虛、腎虛等，一般是給予補血益氣，補腎等治療，使情況得以改善。
2.免疫因素
妊娠宮內的胚胎或胎兒實屬同種異體移植，因為胎兒是父母的遺傳物質的結合體和母體不可能完全相同。母一胎間的免疫不適應而引起母體對胎兒的排斥。
除以上各種因素外，感染所致孕早期流產愈來愈受到國內外學者的重視。妊娠早期嚴重的TORCH感染可引起胚胎死亡或流產，較輕感染亦可引起胚胎畸形。
4.子宮異常
由于子宮缺陷引起的流產約占10%-15%
5.染色體異常
染色體異常多導致胚胎不發育而致早期流產。染色體異常包括數量和結構異常，數量上的異常可分為非整倍體和多倍體，最常見的異常核型為三倍體，而16三體又占1/3，常有致死性。21三體中有25-67%，13三體中有4-50%，18三體中有6-33%必然流產。
6.環境因素
妊娠期生理狀態的改變、使母體對治療藥物和各種環境有害物質的吸收、分布和排泄發生了較大的改變，在發育初期，胚胎對治療藥物和環境因素的影響極為敏感，此時各種有害因素都可導致胚胎的損傷、甚至丟失。