強直性脊柱炎的中晚期癥狀以脊柱受損為主，主要有頸、胸、腰椎等的病理改變，由于本病較為隱匿，很多患者發病后到醫院就診時病情已經發展至中晚期，因而錯過了治療的較好時機。
起病初期，患者主要表現為不明原因的腰背痛，多以腰骶部關節痛為主，伴有明顯的僵硬感，偶爾也可以表現為頸肩痛或髖膝關節疼痛。這種疼痛最大的特點是夜間明顯，特別是凌晨或晨起時，因此有人把它形象地稱為“雞鳴痛”。
起床適當活動以后疼痛反而減輕。由于疼痛的原因，患者常常習慣保持彎腰曲髖的姿勢，這樣可以緩解身體的不適。很多患者常常是因為疼痛、關節僵硬等不同程度的軀體功能障礙，影響了其生活、工作和學習才到醫院就診，意識到問題的嚴重性。隨著病情的進展，慢性炎癥在破壞肌腱韌帶等骨附著處的同時也激活了成骨細胞，伴有身體的自我修復，脊柱關節逐漸出現骨質的增生，關節間隙逐漸消失，關節活動度逐漸喪失。日積月累，脊柱和關節就慢慢僵在了固定的位置，從而出現身體活動受限：
累及頸椎，出現轉頭、抬頭、低頭都困難，真正的“難回首”;
累及腰椎，會有彎腰、轉身受限;
累及髖關節、膝關節，因為關節粘連蹲不下來，蹲廁所都成為了一個大問題。
隨著年齡的增大，炎癥性疾病慢慢減輕，疼痛會逐漸減輕和消失，但是脊柱和關節的活動能力卻會長期喪失，有的患者不能活動，身體完全筆直;也有的患者嚴重駝背，只能看到腳底下的一片地方。
強直性脊柱炎中晚期除了明顯中軸關節表現外，還會出現小關節和關節外表現，嚴重者會出現臟器并發癥。患者需要提高警惕，發現病情變化后盡早到醫院就診，配合醫生的檢查治療，以免延誤病情。