引發少精癥的因素非常多，如隱睪、精索靜脈曲張、內分泌紊亂、維他命及微量元素缺乏、病原微生物感染、藥物影響等各種因素。絕大多數少精癥只要詳細詢問病史，進行詳細的體檢，再配合實驗室檢查是能夠找到發病原因的。
精索靜脈曲張者較好作精索靜脈高位結扎術，通常術后一年半左右會有50%~80%的人精子恢復正常狀態，從而使妻子懷孕。精索靜脈曲張的嚴重與否對精子數量、質量的影響并不成正比關系，有時候輕度癥狀者亦會引發精子的嚴重改變。此外，吃些活血化瘀的中藥亦可促使精液的改善，但這種改變或許會時常反復。
內分泌紊亂者可通過調節內分泌來改善精子，依據不同情況，可采用肌注尿促性激素、絨毛膜性激素、十一希酸睪酮等方法。
對由隱睪引發的少精者，應盡快解決隱睪問題。目前通常主張較好在幼兒期，即2周歲內作睪丸下降術，最遲不超出6周歲。成年隱睪者倘若另一側睪丸正常，可對患側睪丸作切除術，防止后患。保留一側睪不會影響性功能和生育。
少精癥治療要針對原因進行，首先必須弄清楚是什么緣故引發的男性少精癥，這樣才能對癥處理治療少精癥。此外少精癥的病人要做到不吸煙、少飲酒、不穿緊身褲等等。