隨著扁平苔蘚患者數量的不斷增多，扁平苔蘚的治療成為了人們關注的問題。扁平苔蘚的發生讓患者的生活質量直線下降，專家表示：了解扁平苔蘚的原因，能夠從病因著手，以便因選錯了方法導致病情惡化，所以大家要有所熟悉扁平苔蘚的病因。
導致扁平苔蘚發生的具體原因有以下幾點：
(一)感染因素 自60年代以來許多學者對本病與微生物的關系進行了研究。Thyreason等在病損上皮細胞內發現類似病毒的核內小體，曾認為是致病病毒，但電鏡觀察，表明這種核內小體是病損區細胞核膜的橫切面，系上皮細胞內非特異性結構，并非病毒顆粒。
(二)精神神經因素 患者因環境、家庭、工作，個人生活等各方面原因，身心活動受影響，精神受到創傷，緊張、焦慮、憂郁等，使機體發生心理、病理、生化代謝等一系列變化、產生失調紊亂而致病。
(三)內分泌因素 扁平苔蘚病女性患者較多，病情波動與妊娠、更年期以及一些影響內分泌功能的藥物有關。患者雌二醇，睪酮含量多低于正常人。
(四)微量元素 近年來注意到微量元素在人體內具有特異的生理功能及與此病的關系。如缺鋅小鼠的粘膜可發生不完全角化，棘層增厚，上皮可有不典型增生。
(五)系統性疾病因素 扁平苔蘚患者多伴有各種不同的全身性疾病或癥狀，不少患者發病及病情發展與某些系統疾病存在有關，如糖尿病、肝炎、高血壓消化道功能紊亂等。
(六)局部刺激因素 不同金屬修復體在口內形成電位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔粘膜苔蘚樣改變。有報道銀汞充填體引起苔蘚樣病損，少數患者也可能對銅、鋅、銀等產生變態反應。
(七)遺傳因素 有人發現扁平苔蘚病有家族史傾向，不少學者進行了家系發病研究，但系譜分析不符合單基因遺傳規律。
(八) 免疫學因素 目前仍不完全清楚。根據此病病情波動、反復及在上皮下固有層有炎癥細胞浸潤，主要為來自T淋巴細胞的浸潤帶，因而考慮與免疫因素有關，并證明這些細胞不是局部增生的結果，而是來自血液，現多認為扁平苔蘚為免疫功能低下，可導致對一種未明病毒易感性，并提出患者存在體液免疫紊亂。