引起少精癥的原因很多，如隱睪、精索靜脈曲張、內分泌失調、維生素及微量元素缺乏、病原微生物感染、藥物影響等各種因素。大多數少精癥只要仔細詢問病史，進行詳細的體格檢查，再配合實驗室檢查是可以找到病因的。但也有部分患者原因不明。
對由隱睪引起的少精者，應及早解決隱睪問題。現在一般主張較好在幼兒期，即2周歲內作睪丸下降術，最遲不超過6周歲。成年隱睪者如果另一側睪丸正常，可對患側睪丸作切除術，以防后患。保留一側睪不會影響性功能和生育。
精索靜脈曲張者較好作精索靜脈高位結扎術，一般術后一年半左右可有50%~80%的人精子恢復正常，從而使妻子懷孕。精索靜脈曲張的嚴重與否對精子數量、質量的影響并不成正比關系，有時輕度癥狀者也會引起精子的嚴重改變。另外，吃些活血化瘀的中藥也能促使精液的改善，但這種改變可能會時常反復。
內分泌失調者可通過調節內分泌來改善精子。
微量元素鋅、維生素E的缺乏也是引起少精的重要原因。缺鋅者可服用硫酸鋅片補鋅，但因鋅屬重金屬，補鋅太多也會影響精子的發育。
此外，少精癥者還應減少精神壓力，放松心情，平時可服用一些補腎中藥，不宜用大燥大熱之品，不抽煙，這樣不少不育者是能達到懷孕目的的。