《中醫文獻雜志》前身是《杏苑》雜志，創刊于1956年上海市中醫文獻館復館之初。為內部刊物，不定期出版。由當時館長董廷遙親筆題寫了刊名。 1987年《杏苑》被上海市新聞出版局批準為正式內部刊物，以季刊形式定期出版發行，更名為《杏苑中醫文獻雜志》，明確以“繼承發揚老中醫學術經驗，整理研究古今中醫藥文獻”為辦刊宗旨。隨著該刊在國內外的影響日益擴大，作為內部刊物已很難適應海內外中醫界的要求，在上海市科委和上海市新聞出版局的積極支持下，于1994年正式批準該刊國內外公開發行，并更名為《中醫文獻雜志》。

　　2003年該刊由原小16開改版為大16開，頁碼增至現在的56頁。從創刊之初的《杏苑》到公開發行的《中醫文獻雜志》，歷經二十余年，為中醫藥文獻的研究整理、實踐應用、臨診感悟提供了交流、展示平臺。擁有卷帙浩繁、門類廣博的中醫藥文獻典籍，是中華民族文化之精華。中醫文獻研究，途徑種種，或從校勘訓詁，或以訓解次注，或以分類摘編，或集各家之注，或為譯釋發揮，方法雖殊，然皆為保存、整理醫籍文獻所不可缺少。正是諸多先賢學者，鑒偽辨正，考鏡源流，輯佚修纂，才使浩如煙海的醫經典籍得以保存流傳，垂世而久遠;醫道經論得以昭明淵源，揭示真締。前輩名醫臨診集驗，是活的文獻，繼承、總結這些特色經驗、學術思想，尤為當務首要;承前啟后，指導臨床，岐黃之說得以歷代沿襲，使之盛世不衰，此古籍整理之重要、文獻研究之貢獻昭彰可明也。

　　該刊自1983年創刊以來，不斷豐富學術內涵，拓展交流空間，開辟特色專欄，使之成為中醫藥文獻研究、源淵考證、真偽辨鑒、歷史追蹤、古今論道、醫海拾遺、學驗交流的特色期刊。2002年成為“中文科技期刊數據庫全文收錄期刊”;2003年成為“國內學術期刊綜合評價數據庫刊源期刊”;后又成為“國內核心期刊(遴選)數據庫收錄期刊”。是現今國內單獨的一份中醫藥文獻專業類學術期刊，群芳爭嫣，一枝獨秀，她倍受國醫大師、文獻泰斗們的關注和支持，為業內同行的首肯，得到廣大讀者的厚愛和青睞。

　　《中醫文獻雜志》是目前國內單獨的一份中醫藥文獻研究專業期刊，季刊，國內外公開發行。