根據衛生部，國家中醫藥管理局和自治區衛生廳關于規范中醫醫院與臨床科室和三級中醫醫院分級管理辦法及標準要求，市中醫院為適應服務發展需要，對原有科室設置作部分調整。調整后，各科室設置如下：臨床科室17個，醫技及其他服務科室16個，行政職能科室20個。

　　一、臨床科室

　　1、 急診科

　　2、 內科

　　(1)心病、肺病科(含心血管、呼吸內科等專業組)

　　(2)腦病科(含神經內科、老年病等專業組)

　　(3)脾胃病內分泌科(含消化內科、內分泌科等專業組)

　　(4)肝病科

　　(5)腎病、風濕病、血液病科(含腎病、風濕病、免疫學、血液內科等專業組)

　　3、外科(含普通外科、神經外科、泌尿外科、血管外科等專業組)

　　4、婦產科(設婦科一病區、二病區及產科)

　　5、兒科(含新生兒科、小兒科等專業組)

　　6、骨傷科(設骨傷科一病區、二病區)

　　7、腫瘤科

　　8、肛腸科

　　9、針炙科

　　10、推拿科

　　11、重癥醫學科

　　12、皮膚科

　　13、眼科

　　14、耳鼻咽喉科

　　15、口腔科

　　16、麻醉科

　　17、治未病科

　　二、醫技科室及其他服務科室

　　1、放射科(含X線診斷、CT診斷等專業組)

　　2、介入科

　　3、功能檢查科(設內窺鏡室、B超室、心電圖室、腦電圖室、腦血流圖室、肌電圖室)

　　4、醫學院檢驗科(含臨床體液血液、臨床微生物學等專業組)

　　5、病理科

　　6、輸血科

　　7、細胞生物實驗室

　　8、手術室

　　9、消毒供應室

　　10、預防保健科

　　11、感染性疾病科

　　12、藥劑科【設門診調劑室(含中藥飲片、中成藥調劑室，西藥調劑室)、病房西藥調劑室(中心藥房)、中藥庫、煎藥室、中藥加工炮制室】

　　13、營養科

　　14、病案室

　　15、圖書室

　　16、電子閱覽室

　　三、行政職能科室

　　1、行政部

　　2、院辦公室

　　3、黨委辦公室

　　4、人事科

　　5、財務科

　　6、審計科

　　7、行風建設辦公室

　　8、醫務部

　　9、醫務科

　　10、醫療質量控制管理辦公室

　　11、護理部

　　12、門診部

　　13、醫院感染管理科

　　14、科教科

　　15、科研科

　　16、信息統計科

　　17、醫療保險辦公室

　　18、醫療設備科

　　19、總務科

　　20、保衛科