腎囊腫主要有五個病因：

　　1.感染因素：身體任何部位的任何感染，都會通過血液進入腎臟，產生有利于囊腫基因發生變化的環境條件，使囊腫的內部因素活性增強，這樣便可促進囊腫的生成、長大;另外感染還會影響囊腫，如囊腫發生感染，則除了使臨床癥狀加劇外，還會促使囊腫進一步加快生長速度，并使腎功能損害加重等。常見的感染因素有上呼吸道感染、尿路感染、腸胃道感染、皮膚感染、外傷感染、器械感染等等，即不管是細菌感染還是病毒感染，均可對囊腫產生很大影響。

　　2.毒素：毒素作用于人體，可使各種細胞組織器官造成損傷，從而發生疾病，甚至危及生命，并且也是產生基因突變、先天發育異常等現象的主要原因之一。常見的毒素諸如農藥、某些化學藥劑、放射線、污染等等。尤其需要指出，一些藥物也具有腎毒性，若使用不當則易造成腎損害，這些藥物包括：卡那霉素、慶大霉素、磺胺類、利福平、消炎痛、等西藥，以及馬錢子等中藥。

　　3.先天的發育不良：由先天發育不良可產生多種疾病，對于囊腫性腎病而言，主要可造成髓質海綿腎、發育不良性多囊腎病等，先天發育異常的基因一般沒有異常，因此它與基因遺傳或基因突變是有區別的。

　　4.基因突變：對于多囊腎病來說，大多是通過父母基因遺傳的，分為常染色體顯性遺傳和常染色體隱性遺傳，但也有的多囊腎患者既非父母遺傳，也不屬于先天發育不良性多囊腎病，而是胚胎形成時的基因突變。在胚胎形成過程中，由于各種因素的作用，使基因發生了突變形成了多囊腎病，此種情況雖然很少見，但還是可以發生的，因此，有些多囊腎患者可以沒有父母遺傳史。

　　5.高血壓會導致囊腫變大：血壓升高考慮為囊腫壓迫腎實質，激活腎素血管緊張素醛固酮系統，使全身血管收性繼而引起頑固性高血壓，致使腎小球就處于高貫注、高壓力、高濾過狀態，使囊內外壓力變差大，更利于液體淤積導致囊腫增大。常見的腎囊腫如單純腎囊腫、腎盂旁囊腫以及多囊腎等。

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