根據(jù)傳染性軟疣的臨床上有蠟樣光澤的圓形或半球形丘疹，中央臍凹狀，可擠出干酪樣物與組織病理具有特征樣，易于診斷，生殖器部位損害有性活躍年青者，應檢查有其他性病，較大皮損應與汗管瘤、丘疹性蕁麻疹、基底細胞癌，角化棘皮瘤鑒別。

　　傳染性軟疣的鑒別診斷：

　　1、汗管瘤：好發(fā)于女性眼瞼周圍，為針頭至米粒大小的小結節(jié)，密集，正常膚色或淡褐色，質(zhì)堅硬，中心無軟疣小體，不傳染。

　　2、丘疹性蕁麻疹：兒童常見的過敏性皮膚病，初為紡錘狀水腫性紅色斑丘疹，漸為堅硬小皰，頂端突起，無凹陷，無小體排出，劇癢。

　　3、基底細胞癌：基底細胞癌是皮膚癌最常見類型之一，又稱基底細胞上皮瘤(basal cell epithelioma) 、基底樣細胞瘤、侵蝕性潰瘍等，是源于表皮基底細胞或毛囊外根鞘的上皮性低度惡性腫瘤。

　　4、角化棘皮瘤：角化棘皮瘤又稱皮脂軟疣或假癌性軟疣。是毛囊角化上皮的增生性病變。多見于男性，中老年人好發(fā)。臨床上可分4型，即單發(fā)性、多發(fā)性、發(fā)疹性和邊緣離心性角化棘皮瘤。

　　明顯的、典型的臨床傳染性軟疣，一般診斷不難，但有些亞臨床感染或非典型臨床感染的疣體，特別是發(fā)白試驗真假陽性或不明顯時，需要作進一步的實驗室檢查確診，一時有困難時定期觀察，尤其對孕婦更應如此。切忌盲目進行治療。

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