導致慢性咽炎的病因很多。第一類是局部因素，如罹患慢性鼻炎、鼻竇炎、鼻中隔偏曲等疾病時，鼻涕等炎性分泌物，或者干燥、寒冷的空氣長期刺激咽部黏膜，同樣會導致咽炎發生。

　　此外，慢性扁桃體炎、蛀牙等鄰近器官的炎癥波及咽部，煙酒過度，長期在粉塵、高溫、彌漫著有害氣體的環境中工作，長期用嗓過度(如教師、演員等)，都會引起慢性咽炎。

　　第二類是全身因素，例如患有慢性肝炎、肝硬化、腎功能衰竭、貧血的患者，他們的抵抗力和免疫功能比正常人低，而咽部又是人體抵御病菌入侵的第一道門戶，在外來刺激下就會形成慢性炎癥。另外，咽部是呼吸道和消化道的共同通道，肺、氣管、支氣管的慢性疾病(如慢性支氣管炎、支氣管擴張、肺氣腫、肺結核等)、胃食管疾病(如胃食管反流、慢性胃炎、消化性潰瘍等)，都會出現慢性咽炎的表現。近年來，隨著居住和外界環境的變化，過敏也成為了慢性咽炎的主要病因之一。

　　慢性咽炎的治療原則首先是查找各種病因，然后針對病因進行治療。若懷疑是局部因素引起的，應積極治療鼻病、扁桃體炎、蛀牙等咽部臨近器官病變，戒除煙酒，盡量減少對咽部的刺激。若懷疑是過敏所致，就要注意避開接觸過敏源，口服抗過敏藥。若是全身性疾病所致，則必須配合相應的專科治療才能“斷根”。