甲狀腺功能亢進的疾病自然病程一般在一年至兩年。通過抗甲狀腺藥物的治療只能控制甲亢的病情發展，使患者順利度過自然病程，因此，抗甲狀腺藥物治療療程要長，一般需要兩年以上。即使經過長期的藥物治療，仍舊有部分甲亢患者會復發。輕癥患者中約有四分之一復發，重癥患者中約有四分之三的患者會復發。

　　甲亢復發是指應用正規方法治療兩年以上，達到治愈標準，停藥后再次發病，癥狀再現。有些甲亢患者并未治愈，而是病情時好時壞，這種情況為病情反復，而不是復發。甲亢復發的原因多種多樣，包括藥物治療方法、誘發因素、患者病情、免疫因素等。

　　甲亢復發最常見的原因是抗甲狀腺藥物劑量不足、療程不夠、停藥過早、停藥過快、服藥不規律等。而感染、飲食不節制、精神刺激、其他生理因素等都可能誘發甲亢復發。如果患者的甲狀腺功能在正規治療兩個月后仍不能恢復到正常水平，特別是T3持續不降者容易復發。甲狀腺刺激抗體為陽性的甲亢患者大部分人在停藥3~12個月后復發。規范的藥物治療加上精心的護理是減少甲亢復發的關鍵。