1、功能性囊腫：常見的卵巢囊腫之一，也稱為生理性囊腫，這類卵巢囊腫在生殖年齡的女性當中相當普遍。異常量的液體聚集在濾泡內或黃體內，形成濾泡囊腫或黃體囊腫。這種功能性囊腫有時會很大，但不管用藥與否，通常會在三個月內自行消失。這是屬于卵巢囊腫的分類之一。
2、出血性囊腫：這種卵巢囊腫的分類是年輕女性常見的婦科疾病之一，大部分的情況下出血性卵巢囊腫會復原，因此可以先行觀察，不一定需要藥物或手術治療，但有時候出血性卵巢囊腫會合并腹腔內出血，甚至大量出血造成休克，此時就必須緊急手術治療。
3、巧克力囊腫：是指子宮內膜異位癥長在卵巢內，在卵巢內形成大量黏稠咖啡色像巧克力狀的液體。因為子宮內膜異位，卵巢囊腫的腫瘤會隨著時間增加而變大，漸漸侵蝕正常的組織，造成卵巢組織不可逆的損害。經過評估其嚴重性后，可能需要開刀處理。