單純小兒肥胖需要與繼發性肥胖癥鑒別，除外某些內分泌、代謝、遺傳、中樞神經系統疾病引起的繼發性肥胖或因使用藥物所引起的肥胖。從病史、癥狀、體征、化驗可以鑒別。主要鑒別點：上述疾病是病理性疾病，單純肥胖癥是生活方式疾病。

　　1.內分泌疾病：甲狀腺功能低下、垂體及丘腦下部病變、腎上腺皮質功能亢進、男性生殖腺功能低下以及糖尿病患兒均有肥胖表現，但各種內分泌疾病還各有其特點，易于鑒別。有關內分泌和代謝的病理改變，不是單純肥胖癥的早期表現，更不是原因。糖耐量曲線，據此可將其與經常在肥胖者身上常見到的功能性高胰島素血癥相區別。如疑及內分泌疾病的可能，可結合病情做內分泌功能檢查、頭顱X線攝片、眼底檢查等。

　　在肥胖兒童中還見血漿免疫球蛋白、補體C3和C4及淋巴細胞T和B的數目均低于非肥胖兒童，同時可見血漿銅、鋅水平處于亞臨床水平缺乏，經用補充鋅和銅的制劑后有所改善。月經初潮在肥胖女孩明顯早于同齡非肥胖女孩。

　　2.伴有肥胖的綜合征：如Prader-Willi綜合征，以肥胖、肌張力低下、矮小、手足均小、智能低下、生殖腺發育不全、斜視等為其主要癥狀。Laurence-Moon-Biedl綜合征有肥胖、智能低下、視覺障礙、指趾畸形等癥狀。

　　3.其他：當生長障礙或身體活動量少、能量需要減少時亦可發生肥胖，如患骨骼或神經系統疾病時，長期臥床等。

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