光動力療法作為一種全新的疾病治療手段，其治療費用的高低問題一直有爭議。原因是由于國內省份的經濟條件和發展速度不同，醫院的收費標準不同，從而導致光動力療法治療費用出現高低不同的情況。以艾拉-光動力治療尖銳濕疣或皮膚癌為例，的光敏劑艾拉(鹽酸氨酮戊酸118mg/支)藥房零售價750元/支，執行的是國內最低零售價。治愈率達到98%，復發率只有10.33%。而傳統的治療方法，如激光，電離子，注射干擾素，雖然可見疣體燒灼后迅速消除，但無法清除HPV亞臨床感染和潛伏病灶，造成治療不徹底，過了幾周到幾個月又會復發，整體的復發率會超過40%或更高。而且目前的情況是，臨床醫生在使用激光和電離子治療的同時，還要使用多種全身和局部藥物進行治療，藥品又占據了很大的一部分醫療費用，不僅整體的治愈時間長，影響病人的日常生活，反復復發3次后，其整體治療費用也要花~元錢，甚至更多，這還沒有算上病人的誤工和其他費用。因此，從整體治療療程的性價比來說，相對傳統的治療模式，光動力治療費用并不高。

　　其實，整體治療療程性價比高只是光動力療法的一個方面，高治愈率和低復發率才是光動力療法最主要的優勢，因為光動力療法是目前單獨一種可以同時治療尖銳濕疣和HPV亞臨床感染的治療方案，顯著降低復發率。而且，傳統方法治療尖銳濕疣，對尿道口、尿道內等特殊部位的疣體大都采用激光燒灼或手術切除，這樣肯定會有創傷性，造成尿道粘連，狹窄，對器官的功能也會有很大影響。而光動力療法是無創的，可以完好地保留原來的組織結構和功能，并且沒有傳統治療因創面粘連愈合所造成的尿道狹窄等副作用。