目前尚無治療原發性硬化性膽管炎的有效藥物。治療的主要目標為原發性硬化性膽管炎的相關并發癥，包括：脂溶性維生素缺乏、骨質疏松、大膽管狹窄、膽管癌。肝移植是終末期原發性硬化性膽管炎惟一有效的治療手段。

　　1、藥物治療

　　免疫遏制劑及其他藥物，美國肝病學會及歐洲肝病學會均不推薦糖皮質激素和其他免疫遏制劑用于原發性硬化性膽管炎患者，除非合并有重疊綜合征。

　　2、內鏡治療

　　當膽管存在顯著狹窄導致膽管炎、黃疸、瘙癢、右上腹痛或生化指標惡化時，需考慮行內鏡治療。內鏡治療的常用的方法有括約肌切開、導管或球囊擴張、支架置入等。EASL和AASLD均推薦優選膽管擴張治療，但是目前缺乏臨床隨機對照研究評估內鏡治療的療效，因此較好的治療策略尚存在爭議。EASL建議有主要膽管狹窄伴有明顯膽汁淤積者，需行膽管擴張治療（II-2/B1）；只有對于經擴張治療和膽汁引流效果欠佳的患者才考慮行膽管支架置入術（III/C2）。AASLD建議對膽管顯著狹窄的原發性硬化性膽管炎患者，建議以內鏡擴張為初始治療，可同時放置或不放置支架。需要強調的是良性的膽管狹窄與早期膽管癌很難鑒別，因此在內鏡治療顯著狹窄之前應進行細胞學刷檢和/或內鏡活檢，以除外同時合并惡性腫瘤。

　　3、手術治療

　　經內鏡和/或經皮治療效果不佳的顯著狹窄患者，如果無肝硬化，建議行手術治療。外科手術常見的術式包括：膽道旁路術（膽腸吻合術）、切除肝外狹窄膽管、肝管空腸Roux-Y吻合術。盡管單純的膽道旁路術仍在使用，但肝外膽管切除聯合肝管空腸Roux-Y吻合術是更好的術式。對尚未進展至肝硬化的原發性硬化性膽管炎行肝外膽管切除聯合肝管空腸Roux-Y吻合術，5年和10年的生存率分別為83%和60%。

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