病原體通過飛沫、直接接觸等途徑傳入，平時隱藏在扁桃體小窩內，當人體因勞累、受涼或其他原因而致抵抗力減弱時，病原體迅速繁殖而引起發病。炎癥自小窩開始，再遍及整個扁桃體。急性炎癥時，扁桃體實質內充血，有多形核白細胞浸潤，在粘膜表面，可見黃白色斑點。扁桃體明顯腫脹，并可形成多數小膿腫。小窩內由纖維素、脫落上皮和膿細胞等組成的膿性滲出物向小窩口排出，故在扁桃體小窩口可見膿點。慢性炎癥的病理改變明顯，淋巴細胞、網狀細胞增生活躍，扁桃體肥大。小窩粘膜上皮增厚、表面角化過度或形成小潰瘍。角化物、炎性滲出物、脫落上皮細胞、白細胞、細菌等混合形成干酪樣物的栓子，塞于小窩口。長期炎癥可致扁桃體內小血管閉塞，淋巴組織變性，逐漸為結締組織代替，此后扁桃體日益縮小，最后導致扁桃體纖維化。小窩口因瘢痕而狹窄，其內容物難以排除，常成為病灶。