當扁桃體反復受感染成為一病灶后，使機體不斷地遭受到由病灶釋放出來的外來細菌性異體抗原刺激，產生異性抗體。同時肌體亦受到病灶中原來存在的致病菌及具有抗原作用的各種分解產物——自體抗原的刺激，產生自身抗體。

　　這些抗原抗體復合物先以可溶形式運行于血液循環中，以后沉淀在被侵襲器官的終末血管區域，并誘發炎性反應，形成并發病。

　　急性扁桃體炎的并發病有：

　　急性關節炎、風濕熱、心包炎、心內膜炎、心肌炎、急性腎炎、膿毒血癥、扁桃體周圍膿腫、咽后膿腫、中耳炎、急性鼻炎、鼻竇炎、喉炎、支氣管炎、肺炎等。

　　慢性扁桃體炎的并發病有：

　　風濕性關節炎、風濕熱、心臟病、腎炎、長期低熱。